Q. 移行ツール (Digift Migrator)でアップロード時に Digift 側のフォルダ階層は保持されますか?

はい。 ローカル側のフォルダ構成をそのまま Digift 側にも作成します。 また、 既存の Digift フォルダの配下に配置することも可能です (アップロード設定で選択)。